Il 16 novembre 1977, con 94 partite da capitano azzurro, Giacinto Facchetti lascia la Nazionale con questo record, che verrà poi superato solo da Dino Zoff e Paolo Maldini.
L'addio per l'Inter arriva il 7 maggio 1978, vincendo 2-1 sul Foggia: nell'arco della sua pulitissima carriera Facchetti è stato espulso una sola volta. Inizia la carriera di dirigente; lascia l'Inter solo per fare il vicepresidente all'Atalanta, poi torna al suo grande amore.
Ricopre ruoli di dirigente accompagnatore, o di rappresentanza all'estero. Il progetto di Helenio Herrera di farlo diventare l'allenatore dell'Inter con lui come direttore tecnico non avrà fortuna.
Diviene rappresentante all'estero dell'Inter, poi vicepresidente dell'Atalanta. Torna a Milano nella società nerazzurra durante la presidenza di Massimo Moratti con il ruolo di direttore generale.
Viene nominato vicepresidente dopo la morte di Peppino Prisco ed infine Presidente a partire dal mese di gennaio 2004, dopo le dimissioni di Massimo Moratti.
